Главная Карта сайта Контакты Печать

Главная

Ссылки

Сайты подразделений и серверов МГУ

Сайты кафедральных проектов

Сайты по протеомике

Сайты по электронной микроскопии

Сайты программного обеспечения

  • BSoft - программный пакет, предназначенный для обработки изображений электронных микрофотографий, интерпретации реконструкции, молекулярного моделирования и общей обработки изображений.
  • Burnham-Brandeis Helical Package - программа для анализа структуры спиральных макромолекул.
  • CTFFind & CTFTilt - программы для определения дефокуса и астигматизма по микрофотографиям.
  • em2em - программа для преобразования изображений во многие форматы, используемые сообществом 3D-ЭM.
  • EMAN2 - программный пакет для обработки изображений, особое внимание уделяется реконструкции одиночных частиц из изображений крио-ЭM.
  • FReAlign - программа для уточнения 3D-реконструкций из крио-ЭМ изображений одиночных частиц.
  • ImageJ - программа для визуализации и базовой обработки изображений разных форматов.
  • IMAGIC - программный пакет для анализа изображений, спектров и других многомерных наборов данных. В основном используется для анализа одиночных частиц
  • IMOD - набор программ обработки изображений, моделирования и отображения, используемых для томографической реконструкции и для 3D-реконструкции серийных и оптических секций ЭМ.
  • PyMol - широко используемый пакет молекулярной визуализации.
  • SerialEM - программа набора данных на ТЭМ (в основном, методом электронной томографии).
  • RELION - программа, в которой используется эмпирический байесовский подход к уточнению (множественных) 3D-реконструкций или 2D классов в крио-ЭМ.
  • Scipion - фреймворк, объединяющий несколько пакетов программного обеспечения. Представляет собой унифицированный интерфейс как для биологов, так и для разработчиков. Scipion позволяет сочетать различные программные средства, при этом заботясь о форматах и преобразованиях.
  • SIMPLE - программный пакет для обработки изображений крио-ЭМ, в основном для ab initio трехмерной реконструкции низкосимметричных объектов.
  • Situs - программа для обработки и интеграции биофизических данных, полученных для полноатомных, coarse-grained моделей методами ЭМ, томографии и малого углового рассеяния.
  • SPARX - среда обработки изображений с обширной библиотекой скриптов на Python.
  • SPIDER - большой пакет для обработки изображений для электронной микроскопии.
  • UCSF Chimera - интерактивная программа молекулярной графики, часто используемая для рендеринга ЭM моделей.
  • VMD - программа молекулярной визуализации для отображения, анимации и анализа больших биомолекулярных систем с использованием трехмерной графики и встроенных скриптов.
  • XMIPP - программный пакет для обработки изображений, в основном используется анализа для одиночных частиц.