|
|
Главная
|
Ссылки
Сайты подразделений МГУ
Сайты по протеомике
Сайты по электронной микроскопии
Сайты программного обеспечения
- BSoft - программный пакет, предназначенный для обработки изображений электронных микрофотографий, интерпретации реконструкции, молекулярного моделирования и общей обработки изображений.
- CTFFind & CTFTilt - программы для определения дефокуса и астигматизма по микрофотографиям.
- em2em - программа для преобразования изображений во многие форматы, используемые сообществом 3D-ЭM.
- EMAN2 - программный пакет для обработки изображений, особое внимание уделяется реконструкции одиночных частиц из изображений крио-ЭM.
- FReAlign - программа для уточнения 3D-реконструкций из крио-ЭМ изображений одиночных частиц.
- ImageJ - программа для визуализации и базовой обработки изображений разных форматов.
- IMAGIC - программный пакет для анализа изображений, спектров и других многомерных наборов данных. В основном используется для анализа одиночных частиц
- IMOD - набор программ обработки изображений, моделирования и отображения, используемых для томографической реконструкции и для 3D-реконструкции серийных и оптических секций ЭМ.
- PyMol - широко используемый пакет молекулярной визуализации.
- SerialEM - программа набора данных на ТЭМ (в основном, методом электронной томографии).
- RELION - программа, в которой используется эмпирический байесовский подход к уточнению (множественных) 3D-реконструкций или 2D классов в крио-ЭМ.
- Scipion - фреймворк, объединяющий несколько пакетов программного обеспечения. Представляет собой унифицированный интерфейс как для биологов, так и для разработчиков. Scipion позволяет сочетать различные программные средства, при этом заботясь о форматах и преобразованиях.
- SIMPLE - программный пакет для обработки изображений крио-ЭМ, в основном для ab initio трехмерной реконструкции низкосимметричных объектов.
- Situs - программа для обработки и интеграции биофизических данных, полученных для полноатомных, coarse-grained моделей методами ЭМ, томографии и малого углового рассеяния.
- SPARX - среда обработки изображений с обширной библиотекой скриптов на Python.
- SPIDER - большой пакет для обработки изображений для электронной микроскопии.
- UCSF Chimera - интерактивная программа молекулярной графики, часто используемая для рендеринга ЭM моделей.
- VMD - программа молекулярной визуализации для отображения, анимации и анализа больших биомолекулярных систем с использованием трехмерной графики и встроенных скриптов.
|
