|
|
Материалы
|
Протоколы и методики
- Ctffind - программа для определения параметров CTF (астигматизм, дефокус) для untilted микрофотографий.
Описание параметров файла ctffind3.com: здесь.
Для оптимального соответствия ctf-fit и реального power-спектра необходимо корректировать параметры ResMin и ResMax.
- Ctftilt - та же программа, но для определения CTF по tilted изображениям. Входные параметры те же, что и ctffind. Добавляются только
PAve - pixel average, TiltA - ожидаемый tilt angle, TitlR - разброс при определении tilt angle.
- Signature - программа для сборки одиночных частиц с микрофотографий. Подробное руководство сохранилось здесь,
также доступна вводная презентация и подробная статья.
- EMAN - пакет для полной обработки 3DEM данных и получения реконструкций. Сама программа и ее сайт активно развиваются и доступны здесь.
Также доступно несколько методичек, последняя новая методичка лежит тут.
Презентация одной из последних версий программы также лежит рядом.
- Chimera - программа для визуализации, поддерживает многие EM форматы. На официальном сайте доступно множество мануалов.
Новые интересные и простые методички лежат тут (использование Segger)
и тут.
- FReAlign - программа для улучшения 3D-реконструкций. В последних версиях доступна конвертация файлов в формат Imagic и обратно. EMAN2 имеет встроенную версию Frealign, свежая методичка находится
тут. Примеры работающих скриптов есть в папке examples. Описание всех параметров доступно в файле README и здесь.
Форум с полезными советами по использованию программы находится тут. Также доступна
статья,
подробно описывающая принцип работы программы. Видеолекцию от 2006 года можно скачать здесь (245Мб, среднее качество). Подкаст можно прослушать здесь.
- IMAGIC-5 - еще один пакет для полной обработки 3DEM данных и получения реконструкций. Подробный мануал находится здесь. Краткая методичка доступна тут.
- Софт для докинга и валидации 3DEM моделей: DireX (методичка),
Rosetta (методичка),
Gorgon, Situs.
- Протоколы
- О.С. Соколова, А.Г. Богданов, А.В. Гризель. Учебно-методическое пособие "Электронная микроскопия нанообъектов". Часть 1.
- Правила работы на ТЭМ FEI Tecnai G12 Spirit TWIN с негативно-контрастированными образцами.
|
